La primera gran división en la que podemos clasificar a los ecosistemas es en:

• acuáticos
• aéreos o terrestres

Esta clasificación obedece a cuál es el medio fluido en el que viven los organismos. Según que medio sea: agua o el aire, cada uno de ellos presenta una serie de particularidades, de ventajas e inconvenientes.

• Medios acuáticos
: En los medios acuáticos los problemas principales son el abastecimiento de oxígeno (O₂) y la disminución de la luz a medida que aumenta la profundidad (hasta llegar a la falta total de iluminación en las profundidades marinas), y también a una escasez relativa de nutrientes, o de la posibilidad de acceder a ellos. Por otra parte, en estos ecosistemas la influencia del clima es mucho menor, ya que las características propias del agua amortiguan las diferencias de temperatura.

• Medios aéreos o terrestres
: En los medios aéreos los principales problemas son la escasez del agua y también la obtención de nutrientes: el aire no es un medio que pueda contener las sustancias necesarias para la vida. Los organismos que habitan los medios aéreos se ven obligados a buscar los nutrientes en el sustrato sólido, en el suelo. Esto hace que se vean ligados al suelo de forma irremediable para la obtención del sustento. Por ello a este tipo de ecosistemas se los puede llamar también terrestres, ya que si bien el medio fluido es el aire, encuentran el alimento en la tierra.

Los ecosistemas terrestres están mucho más condicionados que los acuáticos por los factores climáticos. Por ello podemos dividir las tierras emergidas en una serie de grandes regiones biogeográficas. Éstas son consecuencia no sólo del clima actual, sino también de la historia geológica y de la influencia de las barreras geográficas (sistemas montañosos, mares, desiertos...) que han condicionado la historia evolutiva de las especies. En la actualidad las diferencias entre estas grandes regiones son algo difusas, no sólo por la movilidad de las propias especies, sino también por la intervención humana, que ha instalado y aclimatado especies en áreas que les eran ajenas, provocando a menudo graves perjuicios para la fauna y flora autóctonas.